办公室
　　协助局领导组织综合性政策调研，拟订卫生工作重大政策，负责综合协调和管理机关政务、事务工作；负责会议组织、文秘档案、信息信访、外事、机要保密、提案议案、妇女、工会、计划生育、安全保卫、行政后勤管理等工作。

规划财务科
　　拟订全市卫生事业发展规划和年度计划，指导全市区域卫生规划和卫生资源的管理配置；负责卫生信息化工作;审批和审核全市大型医用设备装备配置及计量管理；指导基层医疗卫生机构的基本建设；制订监督实施卫生系统财务、统计、医疗收费工作规章制度；安排、管理市级卫生事业经费；负责卫生统计、财务分析工作；对局机关和本系统各单位进行财务管理、会计监督和内部审计；研究提出医疗卫生服务收费价格建议；负责本系统国有资产管理工作;负责本系统财务、统计、收费人员的继续教育、业务培训并协同有关部门做好其上岗证的颁发和年审换证工作;负责局机关财务工作;负责卫生系统共青团工作。

人 事 科
　　拟订全市卫生人才发展规划，组织全市卫生技术人员资格认定和职称考核评审工作，负责局机关公务员管理及本系统干部的考察、任免、奖惩工作；负责各医疗卫生单位班子建设工作；负责局机关和本系统单位的人事管理、劳资、职称、离退休干部管理、卫生专家管理、党务、统战、共青团工作、培训和思想政治教育工作;组织医疗卫生援外工作，出入境审查工作；负责市卫生系统思想政治工作研究会的日常事务工作。

法制监察科
　　负责局机关及指导本系统的纪检、监察、党风、廉政建设和行业作风建设工作，查处本系统干部职工违法、违纪案件；拟定有关卫生行政管理的规章制度，检查督促各项卫生法律、法规的落实；组织开展法制宣传教育;参与和组织卫生行政执法的监督检查；组织和参与卫生行政案件的应诉和复议工作。

医政中医科
　　研究指导全市医疗机构改革，拟订全市医疗机构设置规划、管理制度和服务标准；组织实施医护人员执业标准；服务规范和职业道德规范；负责全市医疗机构的医政、护理和中医管理工作；监督管理医疗机构的医疗护理质量和服务质量；负责中外合资医疗机构和境外医师来莞行医的准入初审和管理；组织重大突发性事件和自然灾害的医疗救护工作；负责医疗事故、医疗广告初审和干部保健工作；依法监督管理血站、单采血浆站采供血及临床用血质量，协调组织全市无偿献血工作；拟订卫生科技教育发展规划和管理意见，协调医学卫生教育和培训工作；组织协调重点医学科研立项、攻关及其科技成果的推广应用；负责全市大型医疗设备的应用质量管理；拟定农村卫生和社区卫生服务工作规划；协调医学会、护理学会、中医学会、农村卫生协会日常事务的管理工作；会同有关部门管理和监督桑拿、沐足等特殊行业。

防保科
　　拟订传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划并组织实施；拟订市疾病控制机构建设规划和基层防保组织工作规范并组织实施；组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情，病情实施紧急处置，防止和控制疫情、病情的发生和蔓延；拟订和实施卫生监督工作规划；负责公共卫生行政复议、查处卫生违法案件；负责全市食品、职业、环境、放射、学校、化妆品、预防性生物制品卫生的监督管理以及对食品化妆品广告审核工作；负责全市计划免疫监督检查工作；拟订全市妇幼卫生（含母婴保健）的发展规划；组织指导母婴保健专项技术服务规范的实施；监督管理母婴保健专项技术服务机构的执业许可和技术人员的资格审批；会同有关部门做好计划生育技术服务和质量监督。

市爱国卫生运动委员会办公室
　　市爱国卫生运动委员会办公室，设在卫生局。主要负责协调组织开展城乡爱国卫生运动、社会卫生管理组织；监督和协调健康教育；指导开展爱国卫生运动以及初级卫生保健计划的实施，并做好检查总结、效果与评价；组织实施农村改水和除四害（鼠、蚊、蝇、蟑螂）工作；组织和开展创建卫生城市、卫生镇、卫生村活动。